Après quelques années plus difficiles, le club retrouve les sommets de la Bundesliga au début des années 1990 avec des joueurs comme Jay-Jay Okocha, Anthony Yeboah ou Andreas Möller en finissant sur le podium à trois reprises. ↑ Le footballeur allergique à la neige, Solar Editions, 2018, par Ali Farhat, illustré par Guillaume Bouzard : milieu de terrain recordman de buts en bundesliga à son poste, Nickel était connu notamment pour sa capacité à marquer sur corner direct. ↑ « Feuille du match Zenit vs. Les moment forts vidéo de Hannes Wolf montreront les buts, les passes décisives, les cartons rouges, les pénalités ainsi que d’autres actions importantes, étant donné que le match a été joué dans une des compétitions football les plus populaires. Après une série de six matchs sans victoire et une 17e place au classement, Olivier Echouafni est limogé de son poste d’entraîneur. Olivier Echouafni, nouvel entraîneur du FCSM tente de créer une équipe compétitive en recrutant des joueurs expérimentés (Jean-Pascal Mignot, en provenance de l’AS Saint-Étienne, Florin Bérenguer du Dijon FCO, Pierre Gibaud de USJA Carquefou), Romain Habran, prêt du Paris Saint-Germain, Karl Toko-Ekambi du Paris FC, Famara Diedhiou du GFC Ajaccio, Matheus Vivian de l’En Avant de Guingamp, et en faisant signer à trois jeunes formés au club leur premier contrat professionnel : Marco Ilaimaharitra, francfort foot Hilel Konaté et Lamanara Diallo.

Le 22 février 2017 Sochaux se prend une gifle de la part de l’AC Ajaccio, score final : 1-6. Ce match est le symbole d’une saison moyenne de la part des Sochaliens, une saison mêlée de haut et de bas. La deuxième moitié de la saison est beaucoup plus décevante, le club terminant finalement à une modeste 10e place. La 2006-2007 fut un exercice réussi, grâce à l’embauche d’Alain Perrin comme nouvel entraîneur et à un recrutement intelligemment mené associant joueurs d’expérience tels Jérémie Bréchet, Jérôme Leroy ou encore Stéphane Pichot et jeunes stars montantes comme le Brésilien Álvaro Santos remarqué dans le championnat du Danemark, le Slovène Valter Birsa, l’espoir français Anthony Le Tallec et le meilleur joueur de Ligue 2 Karim Ziani, le club s’est classé septième en championnat de Ligue 1, a atteint les quarts de la Coupe de la Ligue et a remporté deux nouveaux titres : le 12 juin 2007, le FC Sochaux-Montbéliard s’est emparé de la Coupe de France pour la deuxième fois de son histoire en s’imposant face à l’Olympique de Marseille, réalisant un doublé fabuleux puisque quelques heures auparavant, ce sont les jeunes du centre de formation qui ont remporté la Coupe Gambardella.

Le 30 juin 2008, le président du club Jean-Claude Plessis en poste depuis 1999 part en retraite et laisse sa place à Alexandre Lacombe, directeur des ventes des automobiles Peugeot en France. Francis Gillot, le sixième entraîneur de Sochaux depuis 1999 réussit l’exploit de sauver le club de la relégation grâce à une très bonne seconde moitié de saison et les performances du jeune attaquant franco-turc Mevlüt Erding. Contre le Paraguay en huitième de finale, les Allemands s’imposent dans les dernières minutes du temps réglementaire (1-0) grâce à Oliver Neuville. 2002-2003 et 2003-2004, des matches mémorables en Coupe UEFA face aux plus grands d’Europe (4-0 face au Borussia Dortmund, deux matchs nuls face à l’Inter Milan, 1-0 sur le terrain du Sporting Portugal) et deux finales de Coupe de la Ligue, la première en 2003 perdue 4-1 face à Monaco. Tenant du titre, le Portugal reste sur une Coupe du monde 2018 moyenne et un parcours qualificatif compliqué qui l’a vu terminer derrière l’Ukraine (0-0 ; 1-2), d’où son positionnement dans le 3e chapeau du tirage au sort. L’Angleterre reste sur plusieurs éliminations de suite sur les matchs à élimination directe de l’Euro, sortie par le Portugal en 2004, par l’Italie en 2012 et par l’Islande en 2016. De son côté, l’Allemagne a été présente à toutes les demi-finales depuis 2004, mais depuis son élimination dès le 1er tour de la Coupe du monde 2018 par la Corée du Sud, l’Allemagne a produit plusieurs contre-performances.

Une série de victoires et de matchs nuls permet au club de disputer une finale de maintien contre Évian Thonon Gaillard au stade Bonal. Les Francs-Comtois réalisent malgré tout des derniers matchs de bien meilleure facture et possèdent trois longueurs d’avance sur Évian Thonon Gaillard à une journée de la fin du championnat, un match nul à domicile contre Clermont suffisant aux hommes d’Albert Cartier pour se maintenir. En 2010-2011, le club réalise une très belle saison et termine à la cinquième place du championnat, se qualifiant ainsi pour la Ligue Europa. Après un mauvais début de championnat, une 19e place au classement et une élimination dès le 1er tour de la coupe UEFA contre Panionios Athènes (défaite 0-2 à domicile puis victoire 0-1 à l’extérieur), Hantz est démis de ses fonctions le 12 décembre 2007, moins de 6 mois après son arrivée. L’équipe est éliminée dès le premier tour de la Ligue Europa face au Metalist Kharkiv (0-0 à l’extérieur puis défaite 0-4 à domicile) et se retrouve 20e et relégable lorsque Mécha Baždarević est démis de ses fonctions le 6 mars 2012. Ce dernier est remplacé par le responsable de la réserve, Éric Hély qui sauve le club lors de la dernière journée, terminant même 14e du championnat à la suite de trois victoires consécutives lors des trois dernières journées de championnat.